【2026-2027年版】事業承継・M&A補助金16次公募｜買い手・売り手・親族承継の枠と上限、仲介手数料は対象か

事業承継・M&A補助金の16次公募は、2026年10月2日から11月6日17時まで申請を受け付けています。M&Aの仲介手数料やFA費用は、M&A支援機関登録制度に登録された業者へ払うものに限り、専門家活用枠で補助の対象になります。買い手の補助率は2/3で、上限は600万円です。デュー・ディリジェンス（DD）費用を申請すると、上限は800万円まで上がります。 一方で、株式や事業を買い取る代金そのものは、補助対象経費の区分に入っていません。補助金は専門家費用の一部を後から戻すもので、買収資金は自己資金か融資で別に用意します。本記事の内容は、2026年10月8日時点の公式情報で確認しました。

16次公募の枠と受付期間

16次公募で設定されている枠は、事業承継促進枠、専門家活用枠、PMI推進枠、廃業・再チャレンジ枠の4つです。申請は電子申請のJグランツだけで受け付けます。GビズIDプライムの発行には1週間から2週間程度かかり、混雑時は3週間程度かかると公募要領に書かれています。まだIDがない場合は、すぐに取得手続きを始めてください。 買い手には、100億企業要件を満たす場合の特例もあります。この特例の上限は2,000万円で、補助率は1,000万円以下の部分が1/2、超える部分が1/3です。

買い手・売り手・親族承継で使える枠

第三者とのM&Aで会社や事業を買う側は、専門家活用枠の買い手支援類型を使います。買い手は、DD費用を経費に入れるかどうかにかかわらず、DDの実施が要件です。売り手は売り手支援類型を使います。補助率は原則1/2で、直近決算が赤字の場合と、物価高等で営業利益率が下がった場合は2/3です。 小規模事業者等の売り手には、上限450万円の小規模売り手支援類型という選択肢もあります。ただし、上限800万円の通常の売り手支援類型と同じ公募回での申請は不可です。 親族への承継は、専門家活用枠では原則として対象外です。公募要領では、親族間の事業承継は実質的な事業再編とみなされない例として挙げられています。グループ内の再編や、不動産だけの売買も同じ扱いです。親族内承継や従業員承継では、事業承継促進枠が候補になります。この枠は承継予定者が中心となって行う設備投資や店舗改装などを補助するもので、補助額100万円が下限です。 申請者自身の要件もあります。専門家活用枠と事業承継促進枠の公募要領では、法人は申請時点で3期分の決算と申告を終えていることが必要です。個人事業主は、開業届と青色申告承認申請の提出から5年が経過していることが求められます。

仲介手数料・FA費用・DD費用の扱い

FA業務や仲介業務の費用は委託費の区分です。相談料、着手金、中間報酬、成功報酬が含まれます。対象は、M&A支援機関登録制度に登録されたFA・仲介業者による支援だけです。登録の有無は交付決定時に確認されます。採択後の交付申請までに登録が済んでいない業者は、要件を満たしません。 委託費は原則として2者以上の相見積を取り、最低価格の業者を選びます。FA・仲介費用の相見積先も、登録業者である必要があります。一方、DDだけを行う士業などの専門家は登録が要りません。DD費用の補助額は200万円までです。セカンドオピニオン費用や、表明保証保険の保険料も対象経費に入ります。 消費税は補助対象経費に含まれません。支払いは、補助事業者名義の口座からの振込か、クレジットカードの1回払いに限られます。現金払いや、現金を引き出しての振込は対象になりません。

株式取得資金は補助対象か

専門家活用枠の補助対象経費は、謝金、旅費、外注費、委託費、システム利用料、保険料に区分されています。廃業費を併せて申請する場合は、廃業費も加わります。この区分の中に、株式の譲渡代金や事業の譲受代金の項目はありません。事業承継促進枠の公募要領には、被承継者に支払う譲受費用は補助対象経費にならないと明記されています。 そのため、株式取得資金は補助金とは別に、自己資金か融資で用意する前提で計画してください。個別の経費の扱いに迷う場合は、申請前に事務局へ確認してください。 融資の選択肢の一つに、日本政策金融公庫の事業承継・集約・活性化支援資金があります。国民生活事業の場合、融資限度額は別枠7,200万円です。返済期間は設備資金が20年以内、運転資金が10年以内で、どちらも据置期間は5年以内です。利率は利用区分で変わり、審査の結果で希望に沿えない場合もあります。民間の金融機関の事業性融資と条件を比べて選んでください。

専門家費用の自己負担を試算する

仮定の数字で、買い手の自己負担を計算します。登録業者への仲介手数料等が税抜900万円、財務と法務のDD費用が税抜240万円とします。補助率は2/3です。 仲介手数料等の補助額は、900万円×2/3＝600万円です。上限の600万円と同額なので、そのまま600万円になります。DD費用は240万円×2/3＝160万円で、DD分の200万円以内に収まります。補助額の合計は760万円で、上限800万円の範囲内です。 税抜の経費1,140万円から760万円を引くと、自己負担は380万円です。消費税10%の114万円は補助されないため、実際の負担は494万円になります。さらに補助金が入るまでは、税込1,254万円を先に支払う必要があります。 次は売り手の例です。仲介手数料等を税抜600万円と仮定します。赤字などで補助率2/3が適用されれば、補助額は400万円で、自己負担は200万円です。適用されない場合は補助率1/2で補助額は300万円となり、自己負担は300万円です。

交付決定前の契約は対象外

補助事業期間は、2027年1月下旬から14か月以内となる予定です。詳細は採択後の手引書で示されます。補助対象になるのは、交付決定日以降かつ補助事業期間内に契約・発注し、期間内に支払いまで終えた経費です。 事務局のFAQは、交付決定前に仲介・FAと委託契約を結んだ場合、支払いが期間内でも対象にならないと回答しています。成功報酬を補助対象にするには、専門家との契約、相手方との最終契約、成功報酬の支払いをすべて期間内に行う必要があります。期間開始前に最終契約を済ませた案件の成功報酬は、対象外です。 期間内にクロージングしなかった場合、上限は300万円に下がり、原則としてDD費用だけが対象になります。小規模売り手支援類型の場合、上限は50万円です。買い手が相手方の責任によらず自己都合でM&Aを中止した場合は、全経費が対象外になり、交付決定が取り消される場合もあります。

精算払いと資金繰りの準備

補助金は融資ではないため、返済は不要です。ただし交付は補助事業の完了後に精算して支払う方式で、公募要領には実費弁済と書かれています。事業者は、完了日から30日以内または完了期限日から10日以内のいずれか早い日までに実績報告を出します。その後の検査で額が確定してから、補助金が入金される流れです。補助金は収益として計上し、法人税等の課税対象になります。 公募要領は、つなぎ融資を検討する事業者に対して、早めに金融機関へ相談するよう求めています。先の試算でも、入金前の支払いは1,254万円でした。株式取得資金も加えると、必要額はさらに増えます。手元資金で足りない分は、仲介業者との支払時期の調整、公庫の承継向け融資、取引金融機関の事業性融資を比べて準備してください。採択や交付決定があっても、融資の審査に通るとは限りません。融資の比較の進め方は審査の準備と資金調達の比較方法で解説しています。複数の金融機関に相談するなら、Tasukariのようなマッチングサービスも選択肢になります。

2027年の公募は未公表

16次公募の補助事業期間は2027年まで続く予定です。一方で、17次以降の公募と2027年度の募集要項は、2026年10月8日時点で公表されていません。補助率や上限が同じ条件で続くかは未定です。次の公募を検討する場合は、事務局サイトの新しい公募要領で確認してください。

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出典・確認先

• 中小企業庁「事業承継・M&A補助金」(十六次公募)の公募要領を公表します（2026年10月8日確認）
• 事業承継・M&A補助金 専門家活用枠（買い手支援類型・売り手支援類型）公募要領 16次公募（2026年10月8日確認）
• 事業承継・M&A補助金 小規模売り手支援類型 公募要領 16次公募（2026年10月8日確認）
• 事業承継・M&A補助金 事業承継促進枠 公募要領 16次公募（2026年10月8日確認）
• 事業承継・M&A補助金 専門家活用枠 よくある質問（2026年10月8日確認）
• 日本政策金融公庫 事業承継・集約・活性化支援資金（国民生活事業）（2026年10月8日確認）

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